Alors que l’humanité panse ses plaies, après les événements de Transformers : La Face cachée de la Lune, les Autobots et les Decepticons ont disparu de la surface de la Terre. Mais un groupe formé de financiers et scientifiques puissants et ingénieux étudient les invasions successives...
Les extraterrestres ont envahi la Terre. Occupée, Chicago se divise entre les collaborateurs qui ont juré allégeance à l'envahisseur et les rebelles qui les combattent dans la clandestinité depuis dix ans.
