Le pirate Jack Sparrow est confronté à son passé. Treize ans auparavant, il signait un pacte avec Davey Jones, le maléfique maître des sept mers. En échange de son âme, ce dernier lui promettait le commandement du mythique Black Pearl… Aujourd’hui, Jones vient donc récupérer sa dette.
Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Elle a pour compagnon Pantalaimon, son dæmon, un être capable de prendre de nombreuses...
Sara et Jackson sont invités, avant leur mariage, sur l'île tropicale d'un de leurs amis. Ils se retrouvent seuls passagers d'un avion monomoteur survolant les eaux bleues de l'océan indien. Quand le pilote décède d'une crise cardiaque, le couple va devoir se battre pour rester en vie et...